جب ماحول کو نقصان پہنچتا ہے تو، بائیو ٹیکنالوجی کا استعمال ماحول کو ثانوی نقصان سے بچانے کے لیے کیا جا سکتا ہے۔ حیاتیات انتہائی مخصوص ہے اور آلودگی کے خصوصی ذرائع کو ختم کر سکتی ہے۔ مثال کے طور پر، خام تیل لے جانے والا کروز جہاز حادثے کی وجہ سے سمندری علاقے کو بھاری تیل سے آلودہ کرتا ہے۔ خاص مائکروبیل تناؤ جو بھاری تیل کو گلتے ہیں بھاری تیل کو گلنے اور آلودگی کو ختم کرنے کے لیے اسے ماحولیاتی طور پر قابل قبول شارٹ چین فیٹی ایسڈز میں میٹابولائز کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے۔ اس کے علاوہ، اگر مٹی بھاری دھاتوں سے آلودہ ہو تو آلودگی کے ذرائع کو جذب کرنے کے لیے مخصوص پودوں کو بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔