Atrof-muhitga zarar yetkazilganda, biotexnologiya atrof-muhitni ikkilamchi zarardan himoya qilish uchun ishlatilishi mumkin. Biologiya juda o'ziga xosdir va maxsus ifloslanish manbalarini yo'q qilishi mumkin. Misol uchun, xom neftni tashuvchi kruiz kemasi avariya tufayli dengiz hududini og'ir neft bilan ifloslantiradi. Og'ir yog'ni parchalaydigan maxsus mikrobial shtammlar og'ir yog'ni parchalash va ifloslanishni bartaraf etish uchun uni ekologik jihatdan maqbul qisqa zanjirli yog 'kislotalariga aylantirish uchun ishlatiladi. Bundan tashqari, agar tuproq og'ir metallar bilan ifloslangan bo'lsa, ifloslanish manbalarini o'zlashtirish uchun maxsus o'simliklardan ham foydalanish mumkin.