Khi môi trường bị hủy hoại, công nghệ sinh học có thể được sử dụng để bảo vệ môi trường khỏi những thiệt hại thứ cấp. Sinh học có tính đặc hiệu cao và có thể loại bỏ các nguồn ô nhiễm đặc biệt. Ví dụ, một tàu du lịch vận chuyển dầu thô gây ô nhiễm vùng biển với dầu nặng do tai nạn. Các chủng vi sinh vật đặc biệt phân hủy dầu nặng được sử dụng để phân hủy dầu nặng và chuyển hóa nó thành các axit béo chuỗi ngắn chấp nhận được với môi trường để loại bỏ ô nhiễm. Ngoài ra, nếu đất bị ô nhiễm kim loại nặng, cũng có thể sử dụng các loại cây cụ thể để hấp thụ các nguồn ô nhiễm.