当环境遭到破坏时，可以利用生物技术保护环境免受二次破坏。生物学具有很强的专一性，可以消除特殊的污染源。例如，一艘运输原油的游轮因事故造成重油污染海域。采用特殊的重油分解微生物菌种，将重油分解并代谢为环境可接受的短链脂肪酸，消除污染。此外，如果土壤受到重金属污染，也可以利用特定的植物来吸收污染源。