主要分为药用多肽药物、多肽抗生素、疫苗、农用抗菌肽、饲料多肽、日化化妆品、食品用大豆肽、玉米肽、酵母肽、海参肽。

从功能上看，可分为降压肽、抗氧化肽、降胆固醇肽、阿片类活性肽、高F值寡肽、食用风味肽等。

活性肽，与营养、激素、抑制酶、调节免疫、抗菌、抗病毒、抗氧化等有着非常密切的关系。肽类一般分为：肽类药物和肽类保健品。传统的肽类药物主要是肽类激素。多肽药物的开发在疾病预防控制的各个领域得到了发展，尤其是以下几个领域。

抗肿瘤多肽

肿瘤的发生是多种因素共同作用的结果，但归根结底涉及癌基因表达的调控。 2013年发现了许多与肿瘤相关的基因和调控因子，筛选与这些基因和调控因子特异性结合的多肽成为抗癌药物研究的新热点。例如，生长抑素已被用于治疗消化系统的内分泌肿瘤；美国研究人员发现一种六肽可显着抑制体内腺癌；瑞士科学家发现了一种可诱导肿瘤细胞凋亡的八肽。

抗病毒多肽

通过与宿主细胞上的特定受体结合，病毒吸附细胞并依靠自身特定的蛋白酶进行蛋白质加工和核酸复制。因此，可以从肽库中筛选出与宿主细胞受体或病毒蛋白酶等活性位点结合的肽，用于抗病毒治疗。 2013年，加拿大、意大利等国家从肽库中筛选出多种具有抗病能力的小肽，部分已进入临床试验阶段。 2004年6月，中国科学院微生物研究所通报，中国科学院微生物研究所承担的知识创新项目重要方向“SARS-CoV细胞融合机制及融合抑制剂研究”，由中国科学院微生物研究所和武汉大学生命科学现代病毒学研究中心共同承担的项目取得了重大进展。实验证明，设计的HR2肽能有效抑制SARS病毒对培养细胞的感染，有效抑制浓度在几纳摩尔浓度。合成表达的HR1肽的病毒感染抑制实验以及HR1和HR2的体外结合实验也取得了重要进展。为防止 SARS 病毒融合而开发的多肽药物可以防止病毒感染，并且在感染患者的情况下，可以防止病毒在体内进一步传播。该多肽药物兼有预防和治疗作用。第四军医大学细胞工程研究中心的研究人员合成了九种能有效预防和抑制SARS病毒侵入细胞的多肽。

细胞因子模拟肽

利用已知细胞因子的受体从肽库中筛选细胞因子模拟物成为2011年的研究热点。国外人筛选促红细胞生成素、人促进血小板激素、生长激素、神经生长因子以及白细胞介素等多种生长因子—— 1 模拟肽，模拟的肽氨基酸序列与其对应的细胞因子不同，氨基酸序列却具有细胞因子的活性，且具有小分子量。 2013 年，这些细胞因子模拟肽正在进行临床前或临床研究。

抗菌活性肽

当昆虫受到外界环境的刺激时，会产生大量具有抗菌活性的阳离子肽。 2013年筛选出100多种抗菌肽。体外和体内实验证实，许多抗菌肽不仅具有很强的抗菌和杀菌能力，而且可以杀死肿瘤细胞。

多肽疫苗

多肽疫苗和核酸疫苗是2013年疫苗研究领域最重要的方面之一。2013年国际上开展了大量的病毒多肽疫苗的研发工作。例如1999年NIH发表了两种HIV-I病毒肽疫苗人体临床试验结果；从丙型肝炎病毒（HCV）的外膜蛋白E2中筛选出一种多肽，可以刺激机体产生保护性抗体。美国正在研发疟疾多价抗原多肽疫苗；宫颈癌人乳头瘤病毒多肽疫苗已进入二期临床试验。我国在多种多肽疫苗的研究方面也做了大量工作。

诊断用肽

多肽在诊断试剂中的主要用途是作为抗原、抗体检测相应的病原生物。多肽抗原比天然微生物或寄生虫蛋白抗原更具特异性，并且更容易制备。 2013年多肽抗原组装抗体检测试剂有：A、B、C、G肝病病毒、HIV、人巨细胞病毒、单纯疱疹病毒、风疹病毒、梅毒螺旋体、囊尾蚴、锥虫、莱姆病、类风湿检测试剂。所用的肽抗原大部分是从相应病原体的天然蛋白中获得的，也有一些是从肽库中获得的全新肽。